Setelah Malaka sanggup dikuasai oleh Portugis pada tahun 1511, terjadilah persaingan dagang antara pedagang-pedagang Portugis dan pedagang di Nusantara. Portugis ingin selalu menguasai perdagangan. Maka, terjadilah perlawanan-perlawanan terhadap Portugis. Perlawanan tersebut antara
lain sebagai berikut.
- Sultan Ali Mughayat Syah (1514–1528) berhasil membebaskan Aceh dari upaya penguasaan bangsa Portugis.
- Sultan Alaudin Riayat Syah (1537–1568) berani menentang dan mengusir Portugis yang bersekutu dengan Johor.
- Sultan Iskandar Muda (1607–1636).
Rakyat Ternate dipimpin oleh Sultan Hairun bersatu dengan Tidore melawan Portugis sehingga Portugis terdesak. Pada waktu terdesak, Portugis mendatangkan dukungan dari Malaka dipimpin oleh Antoni Galvo sehingga Portugis bisa bertahan di Maluku.
Pada tahun 1565, rakyat Ternate berdiri kembali di bawah pimpinan Sultan Hairun. Portugis berusaha menangkap Sultan Hairun, tetapi rakyat berdiri untuk melawan Portugis dan berhasil membebaskan Sultan Hairun dan tawanan lainnya. Akan tetapi, Portugis melaksanakan tindakan licik dengan mengajak Sultan Hairun berunding. Dalam perundingan, Sultan Hairun ditangkap dan dibunuh.